Bologna 1858: Im Auftrag des Papstes dringen Soldaten in das Haus der Familie Mortara im jüdischen Viertel der Stadt ein. Sie erheben einen Anspruch darauf, Edgardo, den siebenjährigen Sohn der Mortaras, mitzunehmen. Als Säugling wurde der Junge heimlich von seiner Amme getauft - in diesen Fällen gilt das damals unumstößliche päpstliche Gesetz: Edgardo muss eine katholische Erziehung erhalten. Die verzweifelten Eltern tun alles, um ihren Sohn in die Familie zurückzuholen. Unterstützt von der Öffentlichkeit und der internationalen jüdischen Gemeinde, nimmt der Kampf der Mortaras schnell eine politische Dimension an. Doch die Kirche und der Papst stimmen der Rückgabe des Kindes nicht zu und nutzen den Fall, um ihre zunehmend schwankende Macht zu festigen. Bellocchio beleuchtet nicht nur das individuelle Schicksal Edgardos, sondern analysiert auch die Macht und deren Mißbrauch durch das Papsttum. Genüsslich kostet er die Demütigungen aus, mit denen der Papst seine Gegner antanzen lässt. Akribisch legt er die Fallen, in die der "Heilige Vater" tappt, aller Einsicht zum Trotz, dass seine Zeit als weltlicher Herrscher vorbei ist. Der Papst wird so zur heimlichen Hauptfigur, die kritische Darstellung des Papsttums zur Entzauberung aller autoritären Herrschaft.